Ngày 1 tháng 8 năm 1560, Quốc hội Scotland họp để xác lập các vấn đề tôn giáo của đất nước, mời Knox và năm vị mục sư soạn thảo bản cương lĩnh đức tin. Trong vòng bốn ngày, bản Tín điều Scotland được đệ trình Quốc hội, và được chuẩn thuận. Một tuần sau, chỉ trong một ngày, Quốc hội thông qua ba đạo luật: hủy bỏ thẩm quyền của Giáo hoàng trên lãnh thổ Scotland, bác bỏ mọi giáo thuyết và giáo nghi không phù hợp với đức tin cải cách, và cấm cử hành lễ Misa tại Scotland. Trước khi kết thúc kỳ họp, Quốc hội ủy nhiệm cho Knox và các mục sư tổ chức giáo hội cải cách. Trong vài tháng, họ hoàn tất bản Nội quy (Book of Discipline), văn kiện ấn định thể chế cho giáo hội tân lập. Tháng 12 năm 1560, Marjorie qua đời, để lại cho Knox gánh nặng chăm sóc hai con trai, ba tuổi rưỡi và hai tuổi.[47]

Ngày 15 tháng 1 năm 1561, Quốc hội được triệu tập để xem xét bản Nội quy. Giáo hội được tổ chức theo thể thức dân chủ. Giáo đoàn có quyền chấp nhận hay từ chối quản nhiệm, nhưng khi đã chấp nhận thì không có quyền sa thải. Mỗi giáo sở đều tự dưỡng đến mức có thể. Các giám mục bị thay thế bởi mười hai "giáo hạt trưởng" (superintendent). Kế hoạch này bao gồm việc thiết lập hệ thống giáo dục quốc gia dựa trên nguyên tắc giáo dục phổ thông. Một vài lãnh vực luật pháp đặt dưới quyền kiểm soát của giáo hội.[48] Tuy nhiên, Quốc hội không chịu phê chuẩn kế hoạch, chủ yếu là do các vấn đề tài chính. Nguồn cung ứng tài chính cho giáo hội là tài sản kế thừa từ Giáo hội Rôma ở Scotland, nhưng hiện đang ở trong tay giới quý tộc, và họ không muốn bàn giao những tài sản này. Trong khi chờ đợi đi đến quyết định sau cùng thì Mary Stuart, Nữ hoàng Scotland, trở về.[49]